引言
2022年，全球约有3900万人感染了人类免疫缺陷病毒（HIV），新增感染者130万人，正在接受抗逆转录病毒疗法（ART）的人数为2980万人（1）。ART的广泛使用旨在抑制人类免疫缺陷病毒类型1（HIV-1）的复制，然而，药物抗药性的发展与病毒学失败的可能性更高相关。这种抗药性可能会损害一线ART方案的有效性（2）。传播性药物耐药性（TDR）问题令人困扰，因为它可能会在流行中扩大，从而严重限制HIV感染者中未经ART治疗个体的治疗选择。虽然美国（3）和欧洲（4）定期对TDR进行基线测试，但在许多资源有限的国家中，这并不是标准做法。此外，尽管这些国家承载着全球最大的HIV-1感染负担，但HIV耐药性（HIVDR）测试在大多数低收入和中等收入国家的临床管理中并不是常规内容。
作为一个人口众多的国家，中国在HIV/AIDS的预防和控制方面正在付出艰苦努力，为2030年将艾滋病流行消除为公共卫生威胁的全球目标做出了重要贡献。2004年，中国全国免费抗逆转录病毒治疗计划（NFATP）得以全面实施。到2008年，NFATP进一步扩展和标准化，要求CD4计数低于200个细胞/毫升的个体启动ART治疗。2012年后，这个阈值提高到350个细胞/毫升以下。2016年，所有HIV感染者都有资格接受ART治疗，无论其CD4计数如何（5）。由于ART扩大的影响，TDR的出现成为一个严重的公共卫生问题，因为TDR可能对预后产生负面影响，且可能影响治疗效果。因此，在中国评估TDR的水平和趋势对于全球HIV/AIDS应对至关重要。本广泛规模的研究的主要目标是检查2004年至2022年间中国未经ART治疗的HIV感染个体中HIV-1亚型/亚亚型以及TDR的变化情况。 
研究方法
从2004年到2022年，共提取了来自ART未经治疗的HIV感染个体的HIV-1 pol基因区域（HXB2（6）位置2,253-3,312）的总共67,739个序列。这些序列来自中国疾病预防控制中心（China CDC）的国家艾滋病/性病控制和预防中心以及洛斯阿拉莫斯国家实验室的HIV序列数据库（https://www.hiv.lanl.gov/，截至2022年12月30日）。
进行了数据验证步骤；中国CDC的记录被仔细审查，以确保参与者确实是ART未经治疗的HIV感染者。此外，还对GenBank的注释和相应的已发表文章进行了审查，以分离出符合设定标准的记录：有关ART未经治疗的HIV-1感染人群的记录；采样年份；和招募地点。
研究的参考序列是HXB2。使用HIV-Trace进行序列比对，而HIV-1亚型/亚亚型则通过使用最大似然方法的IQ-Tree v 2.0.6（7）构建系统发育树来确定。个体根据以下标准被纳入研究：年龄在18岁及以上，有采样年份和省级行政区域（PLAD）信息，可以获得蛋白酶和至少HXB2位置2,280-3,263的反转录酶初始238个氨基酸的信息，如果一个人有多个序列，选择最早的序列。
总共57,902个覆盖了31个PLAD的HIV-1 pol基因区域序列组成了最终数据集（附图S1，见https://weekly.chinacdc.cn/）。该研究获得了中国疾病预防控制中心国家艾滋病/性病控制和预防中心伦理委员会的批准（批准号X140617334）。
使用斯坦福HIV耐药数据库（HIVdb）根据世界卫生组织（WHO）2014年的HIVDR指南（8）来推测对12种抗逆转录病毒药物的敏感性。被解释为具有低、中、高水平抗药性的病毒被分类为抗药性，其惩罚分数等于或大于15（9）。药物耐药性的评估是通过斯坦福大学HIVDR数据库的在线序列分析工具（https://hivdb.stanford.edu/hivdb/by-sequences/）完成的。
统计评估使用SAS（版本9.4，SAS Institute Inc.，美国北卡罗来纳州凯利市）进行。从2004年到2022年收集的数据被分成了五个不同的采样时期，与中国NFATP的发展阶段相一致。使用卡方检验来审查与这五个采样时期相关的社会人口特征。为了评估这些时期内亚型、亚亚型和TDR流行率的趋势，采用Cochran-Armitage趋势检验。双尾P值小于0.05被视为统计显著性。
结果
研究人群由57,902名ART未经治疗的HIV感染个体组成，根据NFATP的发展阶段进行分类。根据年份分布，情况如下：1,251人（2.2%）在2004年至2007年间入组，8,794人（15.2%）在2008年至2011年间入组，21,467人（37.1%）在2012年至2015年间入组，21,391人（36.9%）在2016年至2019年间入组，4,999人（8.6%）在2020年至2022年间入组（表1）。Pearson卡方检验显示，在这五个时期内，社会人口特征变量存在显著差异（P<0.001）。
数据显示，随着时间的推移，循环重组型（CRF）01_AE、B和C的ART未经治疗的HIV感染个体比例显著减少。具体而言，它们分别从2004年至2007年的37.3%、24.1%和1.3%降至2020年至2022年的29.4%、7.3%和0.2%（所有P<0.001，呈现趋势）（表2）。对于ART未经治疗的HIV感染个体，CRF01_AE在聚类1、聚类2、聚类3、聚类6、聚类7和CRF01_AE其他中的比例也显著降低，从2004年至2007年的13.3%、2.5%、1.0%、0.5%、0.5%和6.4%降至2020年至2022年的4.2%、2.2%、0.7%、0.1%、0.0%和2.0%（所有P<0.001，呈现趋势）。相反，ART未经治疗的HIV感染个体的CRF01_AE-cluster 4、CRF07_BC、CRF07_BC-MSM、CRF07_BC-other、CRF08_BC、CRF55_01B、其他CRFs和独特的重组型（URFs）的比例在2004年至2007年从8.1%、24.1%、5.4%、18.6%、11.5%、0.1%、0.4%和0.9%分别增加到2020年至2022年的13.6%、40.8%、24.3%、16.4%、11.5%、3.8%、3.7%和2.8%（所有P<0.001，呈现趋势）。然而，在时间上未观察到CRF01_AE-cluster 5和其他亚型的比例显著变化。
TDR的报告患病率在2004年至2007年逐渐增加，持续到2020年至2022年（表3）。在2020年至2022年时间段内，新疆报告了显著的23.4%的患病率。TDR的患病率，无论是整体还是与非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTI）有关的，都逐渐从2004年至2007年增加到2020年至2022年。在相同的时间间隔内，从2004年至2007年到2020年至2022年，efavirenz（EFV）和nevirapine（NVP）的TDR患病率也有所上升（详见附图S2，可在https://weekly.chinacdc.cn/查看）。
我们观察到在2020年至2022年期间，与2004年至2007年期间相比，TDR患病率几乎增加了两倍（整体率为7.8%和6.7%，NNRTI率为6.3%和6.7%）（P<0.001，呈现趋势）。值得注意的是，传播的NNRTI耐药性，特别是EFV和NVP，从2004年至2007年的1.6%和1.8%显著增加到2020年至2022年的6.3%和6.7%（P<0.001，呈现趋势）。然而，核苷类逆转录酶抑制剂（NRTI）和蛋白酶抑制剂（PI）相关的TDR患病率在时间上没有显著变化。总体TDR患病率的结果与每个社会人口特征的缺失和非缺失值的趋势保持一致（详见附表S1，可在https://weekly.chinacdc.cn/查看）。Cochran-Armitage趋势检验结果显示，NNRTI耐药性突变A98、E138、G190、K101、K103、K238、P225、V106和V179以及NRTI耐药性突变L74和M184随时间逐渐增加（所有P<0.05，呈现趋势）。相反，PI耐药性突变在时间上没有明显变化（详见附表S2，可在https://weekly.chinacdc.cn/查看）。
研究结论
据我们所知，这项研究是迄今为止关于HIV-1亚型/亚亚型和TDR的全国分布和趋势的最大规模的调查。样本量为57,902，时间跨度从2004年到2022年，涵盖了在这段时间内关于中国ART-naïve感染HIV个体的可靠估计的整个时期。
在2004年至2015年之间，CRF01_AE呈现出逐渐增加的趋势，而亚型B和C则呈现出逐渐减少的趋势。这些发现与一项关于中国HIV-1亚型从1990年到2015年的系统回顾结果一致。该回顾指出，CRF01_AE从2005年至2009年和2010年至2015年之间的比例分别从27.2%上升至47.2%，而亚型B和C在同一时期分别从38.7%和1.7%下降至17.8%和1.6%。
2006年，中国国家分子流行病学调查报告指出，主要的HIV-1亚型主要是重组的，包括CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC，这三种亚型占了80%的病例，而亚型B和其他亚型占了将近20%。对中国30年来的HIV/AIDS预防和控制的回顾性研究显示，注射药物使用引起的HIV流行病在2008年之前仍然存在，异性恋者的发病率增加，并且HIV-1亚型的复杂性使得CRF的比例超过其他亚型。
我们的研究证实了2006年中国国家分子流行病学调查的结果，即从2004年到2008年，CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC在中国逐渐占据主导地位。数据显示CRF01_AE-cluster 4、CRF07_BC-MSM、CRF07_BC-Other、CRF08_BC、CRF55_01B、Other CRFs和URFs的比例增加。相反，CRF01_AE-cluster 5和其他亚型保持稳定，而CRF01_AE、cluster 1、cluster 2、cluster 3、cluster 6、cluster 7以及亚型B和C的比例减少。
这些变化的模式在很大程度上增加了HIV-1亚型和CRF的复杂性和多样性。一个值得注意的观察是在不同年份ART-naïve感染HIV个体中，HIV-1亚型和重组形式的分布和变化各不相同。HIV-1亚型/亚亚型的遗传多样性受到多种因素的影响，包括可能存在的亚型/亚亚型之间的潜在生物学差异，这些差异可能影响传播和疾病进展。然而，其他有影响的因素可能包括交通连通性、迁移、城市化和人口增长。
不完全的治疗或不平等的预防覆盖率，以及不同地理区域或风险群体之间效果的差异，都可能导致HIV流行的控制出现偏差。这种差异可能导致HIV-1亚型和重组形式在不同地区的分布存在差异，特定地区或风险群体可能更受某些HIV变异的影响。
根据2017年世界卫生组织的HIV耐药性指南，传播的HIV耐药性的流行率被定义为低（<5%）、中度（5%–15%）和高（>15%）。本研究发现总体TDR流行率显著增加，甚至在2020年至2022年间达到了中度水平。然而，在新疆地区，它超过了15%，表示高水平。中国必须优先考虑耐药性监测，并在区域层面重新评估一线抗病毒治疗方案，因为耐药性成为中国关注的重要问题。
在本研究中，特别是关于NNRTI耐药性方面，我们观察到TDR的总体流行率呈明显上升趋势，从2020年至2022年达到中度水平。然而，在NRTI和PI方面并未检测到显著变化。这与中国2001年至2017年HIV-1耐药性的全面回顾结果相吻合，强调了NNRTI耐药性作为主要驱动因素。在2014年至2018年的大规模美国研究中，发现NNRTI、NRTI和PI的TDR流行率分别为12.0%、6.9%和4.2%，与本研究的结果相一致。
总之，我们的研究为中国2004年至2022年ART-naïve感染HIV个体的HIV-1亚型、重组形式和TDR提供了全面的调查结果。这项研究的发现有助于更好地了解HIV在中国的传播和耐药性的趋势，从而为制定有效的防控策略提供重要参考。
从2020年到2022年，在中国国家免费抗逆转录病毒治疗计划（NFATP）推荐的主要药物方案，如EFV和NVP，中观TDR水平呈现出来。鉴于这些药物的广泛使用，检测EFV和NVP特异性的HIV耐药性至关重要。值得注意的是，NNRTI耐药性的突变，尤其是K103、E138和V179，从2004年到2007年的0.4%、0.1%和0.3%，分别上升至2020年到2022年的3.4%、0.8%和1.7%。而NRTI耐药性的突变，特别是M184，从2004年到2007年的0.2%上升至2020年到2022年的0.7%。
CRFs是中国HIV-1的主要亚型，值得进一步探索其与药物耐药性相关的特定突变或多态性，使用表型药物耐药性方法（19）。这种监测对于未来HIV感染背景下的TDR规划至关重要。最后，值得注意的是，在2019年末，公共卫生服务的重点转向了2019冠状病毒病（COVID-19）大流行（20），这需要进一步调查COVID-19与HIV耐药性之间的潜在联系。
这项研究存在一些限制。研究中使用的社会人口学指标揭示了某些数据缺口。对于每个社会人口学变量的非缺失值和缺失值的比较显示，总体TDR流行率没有显著变化。其次，我们未能收集相关的临床信息，如HIV阶段、HIV诊断时间和性伴侣数量。在未来的研究中，整合这些数据可能会增加结果的准确性，并进一步分析变异效应。最后，地区差异可能引发潜在的采样偏差，未来的研究将包括对ART-naïve感染HIV阳性患者药物耐药性空间分布的彻底评估。
我们的研究结果表明，在2020年到2022年间，中国ART-naïve感染HIV个体中TDR的总体流行率达到了中度水平，新疆地区呈现高水平。携带药物耐药性的HIV个体将终生携带这些耐药菌株，从而降低抗逆转录病毒药物的效力，进一步增加新的HIV感染和相关的发病率和死亡率。因此，这些个体应该优先考虑预防策略和最佳治疗。进行实地调查以确定ART-naïve感染HIV个体中TDR的原因至关重要，这将有助于制定针对性的干预措施，以减少HIV耐药菌株的发生和传播。在国家和省级水平上定期监测和监测药物耐药性，以及加大努力预防TDR的发展，对于实现2030年将艾滋病作为公共卫生威胁消除的全球目标至关重要。
利益相关
利益冲突：无利益冲突。
致谢：各省级疾控中心的工作人员。
资助：由中国科学技术部支持（项目编号2022YFC2305205、2022YFC2305201）、中国国家自然科学基金（项目编号82260670）、广西巴桂荣誉奖学金以及中国传染病预防控制国家重点实验室资助。
