尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒( HPV) 感染所致，主要通过性接触传播。该病存也在非性接触的传播途径，包括: 接触污染物传播、自身和异体接种传播、母婴传播、医源性传播等。
接触HPV污染物传播
现有许多研究证明，在未进行性接触的人群中感染HPV的情况时有发生，间接接触传播在尖锐湿疣的传播途径中起到重要作用，接触尖锐湿疣患者使用过的物品，如共用个人卫生用品、洗浴用品，如浴巾、泳衣、内衣物等，可能引起HPV的传播而患病。
de Martino等的一项研究发现未有性生活15岁以下的男孩包皮亚临床感染高危型HPV的患病率为12%(6/50)，该研究仅针对高危型HPV进行PCR检测，且样本都为高危型HPV16型阳性，研究者推测HPV的传播可能通过受污染的毛巾、搓澡巾或其他物品。
研究发现，在公共厕所的环境表面取样，可以在抽水马桶的开关、门把手、洗手池水龙头、 灯开关上检测到 HPV，包括低危型6、11、42、43、53、 62、67、72型，高危型16、18、33、35、45、51和59型， 最常见的类型是6、11和16型。另一项研究发现 在机场卫生间的马桶圈上存在HPV，检出率为22. 8%，其中高危型HPV检出率为15.8%，HPV-16检出率为12.9%。公共淋浴的使用也会使传播其他低危型HPV的风险增加，譬如跖疣。
虽然可以检测到HPV的病毒，但是否会引起传播还有待证实。
经手传播
将手作为传播途径中的重要一环是因为污染的手是病原体的传播的重要方式，研究发现在未认真 清洗双手的尖锐湿疣患者的指尖可以检测到大量HPV的DNA，当患有尖锐湿疣的“月嫂”或“家政”触摸或刮擦生殖器后，不洗手就给婴儿换尿布或帮助孩子上厕所洗澡，可能会将病毒传播给孩子的生殖器部位皮肤黏膜。
异体间手传播
既往有研究认为HPV可以经手在人与人之间进行传播，通过手指与生殖器接触传播尖锐湿疣是一种可能。虽然在手部检测到HPV阳性，但不能排除手上检测到的HPV-DNA，仅仅是病毒的沉积，由于手偶然接触生殖器感染部位而被污染，并不能完全肯定是HPV真正的感染。在Winer等对女大学生的研究中，指尖与生殖器样本之间检测出特定类型HPV的阳性一致率为17.8%，在指尖样品中检测到的最普遍的高危型是HPV16型(检出率为3.3%)、HPV-51型(1.8%)、HPV-53型(1.8%)、HPV-66型(1.8%) ; 最普遍的低危型是HPV-84型(检出率为4.5%)、HPV-6型(2.7%) 。
自身手传播
自身手传播，即HPV的传播发生在同一个人的生殖器、肛管、口腔及手之间，且必须排除可能来自性伴的性接触传播，即伴侣的HPV基因型检测是阴性。
案例研究发现，自身手传播有时是因为搔抓生殖器区域引起的。在患有生殖器疣和皮肤疣的一名儿童身上，生殖器及皮肤样本具有HPV基因型一致性。该儿童从未有性虐待史，从而推测手到生殖器的HPV自身接种可能是一种传播途径。同样地，Obalek等研究了32名患有肛门生殖器尖锐湿疣的儿童，除却2名尚未确定类型的HPV感染(14/27) 的儿童感染生殖器低危型HPV，基因型为6、11型。在7名(22%)患尖锐湿疣的儿童中发现面部或手部同时存在病毒疣，由侵犯皮肤的HPV2型引起，其中2名HPV2型感染的儿童患有趾疣，3名儿童的母亲有手部的寻常疣。儿童尖锐湿疣与引起皮肤疣的HPV类型的关联性高，儿童可以发生自身接种，通常从手上的疣到身体的其他部位，包括生殖器区域。
在Jones等的回顾性分析研究中在131例尖锐湿疣的儿童患者，追问病史只有3名(2%)被报导怀疑受到性虐待; 有66名(50%)儿童的母亲有明确的尖锐湿疣、宫颈黏膜细胞不典型增生病史; 有 81 位( 61%)儿童有兄弟姐妹，其中有40人的兄弟姐妹(49.4%) 患有尖锐湿疣，而有41人(50.6%)没有疣。无任何性虐待迹象的儿童出现尖锐湿疣，表明多数病例是非性途径接触传播的结果，考虑存在兄弟姐妹之间的异体接种，患儿自身接种，还不能除外母亲孕产期传播给孩子的可能。
尽管性接触感染为最主要的传播途径，但是并非所有患者都是因为不洁性行为而传染，另有少部分患者则可能是通过间接接触受污染的物品传染，自身或异体接种传染，母婴传播，以及在医院内获得感染，也可能存在其他非性传播方式，因此我们要纠正所有性病都是不洁或者不道德的性行为引起的旧观念。
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