肛门癌不成比例地影响艾滋病毒感染者，特别是与男性发生性关系的男性(MSM)。然而，有可能通过广泛接种HPV疫苗抑制疾病的影响。
在最近由国际抗病毒协会主办的网络研讨会上，有报告称艾滋病毒感染者的肛门癌发病率大约是普通人群的19倍，虽然这一比例在男男性行为者中最高，但我们不能低估携带艾滋病毒的女性，她们的肛门癌发病率是普通人群的10倍。在艾滋病毒阳性人群中，肛癌的发病率在整个90年代中期都在上升，在21世纪初趋于平稳，近年来逐渐下降。20世纪90年代出现的这种增长被认为是由于艾滋病毒感染者活得更长了，使他们有时间可以发展成肛门癌。尽管近年来肛门癌的总体发病率有所下降，但艾滋病毒感染者的风险依然严峻。在感染艾滋病毒的男男性行为者中，肛门癌的发病率大约与前列腺癌或乳腺癌一样高，远远高于其他常见癌症。人们认为，HIV阳性男男性行为者的比率是由高水平的HPV暴露和细胞介导免疫降低共同驱动的。预防HPV相关癌症可能需要一种平衡的方法，包括HPV免疫接种，以防止初始HPV感染，治疗肛门高级别鳞状上皮内病变(HSIL)，并在该患者人群中寻找增强细胞免疫的方法。新的数据显示，在艾滋病毒感染者中及早开始抗逆转录病毒疗法(ART)可能降低癌症发病率。SMART试验的数据发现，与延迟抗逆转录病毒治疗的个体相比，立即抗逆转录病毒治疗可减少感染相关癌症高达76%。筛查也是一种有效的方法，应该在患者出现症状时进行筛查，有些可能需要每年进行筛查。鉴于感染 HIV 的 MSM 中肛门癌的发病率较高，这类人群需要定期检查。有症状的个体，如出血，排便疼痛或在接受性肛交期间，肛门疣或其他病变，瘙痒或刺激，以及HIV阴性的MSM，应进行筛查。最后，免疫抑制的个体应该定期进行筛查，至少45岁的HIV阴性、宫颈HPV-16感染的妇女也应该进行筛查。任何异常发现都应提示转诊进行高分辨率或传统肛门镜检查。在 HIV 感染者中，HPV 疫苗已被证明是安全且具有免疫原性的；然而，与未感染 HIV 的人相比，他们产生的疫苗特异性抗体可能更少。
一项针对成人真实世界数据的嵌套病例对照研究发现，与至少 21 岁的成年人相比，在年轻时接种 HPV 疫苗具有更强的保护作用（Lancet Child Adolesc Health 2018；2[10]：707-714），早期疫苗接种是有效的，疫苗效力随着年龄的增长而降低。年轻时接种HPV疫苗可能有效预防HPV相关疾病，包括肛门癌。
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