急性期后，随着HIV抗体的大量产生，感染者体内的病载水平一般会大大降低，CD4+ T淋巴细胞计数可自行恢复至正常水平或接近正常水平。
但是，由于病毒储存库的存在，相当一部分HIV会隐藏在免疫系统无法攻击的地方，免疫系统不能完全清除病毒，最终就会形成慢性感染。
整个潜伏期，HIV病毒都在免疫系统的持续监视下隐性运行，仍会以较低的水平持续复制，逐渐消耗关键免疫细胞（CD4细胞）。
这个阶段，人体每天可能损失数亿、数十亿计的CD4细胞，虽然骨髓干细胞会不断补充新的CD4细胞，但这种代偿能力逐渐会被消耗殆尽。
潜伏期阶段，由于 HIV 在感染者体内的不断复制，免疫系统持续不断受损，CD4+T淋巴细胞计数逐渐下降。一般情况下，健康人的CD4细胞计数在500-1500/μL。感染HIV病毒后，CD4细胞每年以约50-80个/μL的速度递减。
随着CD4细胞计数下降到300-200/μL以下，免疫系统失去了抵御常见病原体的能力。此时，艾滋病病程进入终末期——感染者开始面临各种机会性感染和恶性肿瘤的威胁。
数据显示，当CD4细胞感染低于200/μL时，各种结核病、卡氏肺孢子虫肺炎、带状疱疹出现的风险将增加30倍以上。
潜伏期的大家能做什么！？
潜伏期是进行早期干预和艾滋病治疗的最关键阶段，几乎所有的艾滋病治疗都是尽可能的想要延长潜伏期，从而延后发病期的到来。
通过及时检测和接受抗逆转录病毒治疗（ART），可以大大降低HIV病毒对免疫系统对持续损耗，显著延长潜伏期，并降低病毒对外传播风险，大大提升患者的生存寿命和生活质量。
长期的规范治疗下，患者体内病毒载量可降至检测不到的水平。此时，CD4细胞下降的速度会明显地被控制，甚至免疫系统可以得到重建，CD4计数可能大部分恢复。 现阶段，艾滋病已经从“不治之症”转变为“可控慢性病”了。发现及时，治疗得到的HIV感染者，其寿命已经基本接近普通人的预期寿命。
