在许多高收入国家，作为HIV常规护理的一部分，在开始治疗之前进行基因耐药性检测，以确保该感染者的病毒不会对选定的抗逆转录病毒药物产生耐药性。
然而，除了识别潜在的耐药突变之外，还进行了个体病毒的系统发育分析——与其他病毒相比，这提供了关于不同病毒之间如何关联的信息。
据美国疾病控制和预防中心(CDC)称，分子HIV监视是针对遗传相似病毒簇，而不是对人。他们强调，系统发育数据是对血液测试的汇总数据进行比较，以识别基因相似的病毒，并根据各种因素(如感染发生的时间、地理位置和感染的阶段)进行分组。这种方法形成了CDC在美国“终结艾滋病流行”的核心支柱之一。 虽然分子监测与传统的流行病学方法相结合使用，但CDC认为，单独使用传统方法不足以迅速识别和干预病毒快速传播的情况。 分子HIV监测使公共卫生官员能够查明迅速增长的艾滋病毒传播网络，通常是在人们没有很好地接触到护理的情况下，如在农村社区、移民群体或注射吸毒者。疾控中心特别感兴趣的是那些在过去的一年里有超过5个新的传播，而基因变异小于0.5%的集群。 一旦确定了这些群数据，就在区域和地方卫生部门的帮助下进行调查。这项调查将检查其他数据来源，如人口统计和临床信息以及分子数据，以确定艾滋病毒快速传播的个人和网络。官员们确定被视为潜在传播源的个人，进行调查，然后联系尽可能多的接触者。 确定接触者对公共健康有好处，对未诊断出艾滋病毒的个人也可能至关重要，因为这可能意味着从感染到开始治疗之间的时间大大缩短。然而，这些人的网络往往代表着那些已经被边缘化的人，由于诸如注射毒品和性工作等行为，并且可能还容易受到刑事定罪。 2017年，美国疾病控制与预防中心(CDC)用这种方法识别了德克萨斯州圣安东尼奥的一群男性，这些男性与其他男性发生过性关系。最初的集群包含24名携带相关病毒的男子。然而，另有87名HIV阳性男性被确定为原群体的性伴侣或共用针头的伴侣。对28名与该群集有关，属于艾滋病毒感染高危人群的艾滋病毒阴性男子进行了重新检测，并发现了1例新的阳性病例。 为了解决这一事件所突出的问题，CDC向其医疗服务提供商发出了针对艾滋病毒检测和急性感染迹象的警报。他们还发出了关注暴露前预防(PrEP)的警报，因为人们发现，当时有感染艾滋病毒风险的男性中很少有人在做暴露前预防。 2018年，北卡罗莱纳州公共卫生部(North Carolina Department of Public Health)发现，2016年至2017年期间，注射吸毒者中新确诊的艾滋病毒病例大幅增加。这促使了一项调查，最终确定了一组7名HIV感染者，他们相互之间有性联系或共用针头。为了进一步调查，公共卫生官员利用分子艾滋病毒监测结合传统流行病学方法来确定其他接触者。调查出96名接触者，确认7人感染艾滋病毒，包括2例新的艾滋病毒病例。此外，也有20人被新诊断为丙型肝炎。所有检测呈阳性的人都接受了治疗。
经常提到一个伦理问题是: 由于系统发育分析是对常规收集信息的二次使用，艾滋病毒感染者没有对用于公共卫生监测目的的健康数据提供知情同意。
上述例子表明，当分子监测与传统的流行病学调查形式相结合时，该技术可以迅速识别边缘化和污名化的个人和群体。
在美国和加拿大等国，分子HIV监测受到了批评，因为人们普遍将艾滋病定为犯罪，包括不披露、可能接触或据称传播艾滋病。尽管这些法律没有被证明能减少新感染艾滋病的人数，反而助长了与艾滋病有关的污名化。 HIV分子监测不能确定HIV传播的方向。存在各种可能性，即使是在有关联的病毒的情况下，这使得确定一个人感染了另一个人具有挑战性——例如，两个人都可能是被病毒基因信息不在系统中的第三个人感染的。 然而，系统发育信息经常被用于HIV犯罪案件。尽管法院无法确定病毒传播的方向，但在许多案例中，基因数据已被用于确定病毒样本之间的关系。如果结合其他信息，HIV分子数据有可能被法院用来推断传播方向。(类似地，如果不存在系统发育上的联系，这可以作为一种辩护。) 批评人士认为，任何导致对艾滋病毒感染者加强监管、定罪和起诉的工具都应该谨慎处理。 尽管分子HIV监测有望为更有效和快速的公共卫生对策提供一些希望，但也提出了关于艾滋病毒感染者是否同意的关键问题，以及艾滋病毒感染者进一步边缘化和定罪的不利结局。
