二线以及三线抗病毒治疗方案是通过监测抗逆转录病毒治疗效果，并做出治疗失败的诊断后进行的。世界卫生组织2013年6月30日发布的新指南中指定病毒载量为首选的诊断和监测指标，并对抗逆转录病毒治疗失败后的二线治疗方案和药物做出了建议。
监测抗逆转录病毒治疗效果并对治疗失败情况做出诊断
针对成人、青少年和儿童：
建议将病毒载量作为诊断并确认抗逆转录病毒治疗失败的首选监测指标（强推荐，高质量证据）。 如不能定期检测病毒载量，应使用CD4细胞计数和临床监测确定治疗是否失败（强推荐，中等质量证据）。二线抗逆转录病毒治疗：应转向哪种抗逆转录病毒用药方案
成人和青少年应转向哪种抗逆转录病毒用药方案（包括孕妇和哺乳妇女）
成人二线抗逆转录病毒治疗应包括：两种核苷类逆转录酶抑制剂 + 一种利托那韦增强型蛋白酶抑制剂。 建议按以下顺序使用二线核苷类逆转录酶抑制剂方案：- 在以替诺福韦 + 拉米夫定（或恩曲他滨）为基础的一线用药方案失败后，二线方案以齐多夫定 + 拉米夫定为骨干核苷类逆转录酶抑制剂。
- 在以齐多夫定或司他夫定 + 拉米夫定为基础的一线用药方案失败后，二线方案以替诺福韦 + 拉米夫定（或恩曲他滨）为骨干核苷类逆转录酶抑制剂。
- 简单说：原来齐拉依（奈）换成替拉克，原来替拉依（奈）换成奇拉克
